Dinámica molecular de proteínas modificadas con 4-Hidroxi-2-nonenal una herramienta para la exploración de sus efectos estructurales y funcionales.

Abstract

La propuesta del presente estudio consistió en investigar a nivel atómico, los efectos estructurales y funcionales de las modificaciones con 4-HNE sobre un grupo de proteínas modelo, mediante simulación por Dinámica Molecular. Tres fueron las razones consideradas para ello:1) los estudios computacionales de proteínas modificadas han evolucionado significativamente y en la actualidad se consideran un complemento a la investigación experimental, pues permite comprender, de manera detallada, los cambios que inducen estas modificaciones en el plegamiento de las proteínas. 2) en el caso particular de la carbonilación, la simulación computacional de proteínas con este tipo de modificación ha sido poco estudiada por presentar aminoácidos no estándares que requieren la construcción y validación de nuevos parámetros compatibles con los campos de fuerza de los diferentes programas. 3) los estudios in sílico realizados a la fecha en proteínas carboniladas con 4-HNE, poseen alcance limitado debido a los cortos tiempos de simulación y la falta de descripción en los detalle de desarrollo de los nuevos parámetros y las metodologías de parametrización de los aminoácidos no estándares.