Publicación:

Mining pubchem and protein databases for unknown targets of pollutants and therapeutic molecules

Resumen

Las uniones proteína-ligando corresponden a un proceso dinámico, que permite que los residuos que se encuentran en los bolsillos puedan interactuar con una variedad de ligandos de forma, tamaño y composición diferente a los ligandos naturales. Dado que la teoría convencional "una molécula, un blanco, una enfermedad" es limitado y poco común en la naturaleza, la estrategia de análisis de la interacción entre redes de ligandos y proteínas diana surge como un método sistemático para sondear los mecanismos moleculares en eventos complejos, que son difíciles de predecir a través de los enfoques in vitro o in vivo. Los estudios de cribado virtual se han convertido en una parte importante de la investigación en toxicología y farmacología dirigida al descubrimiento de nuevos blancos proteicos y fármacos, respectivamente. Una de las estrategias utilizadas consiste en evaluar las diferentes vías metabólicas involucradas y seleccionar el objetivo biológico potencial. Para esto, existen dos enfoques fundamentales: el primero basado en ligando, cuya finalidad consiste en la identificación de aquellas estructuras que tienen más probabilidades de unirse a una molécula diana; y el segundo basado en la estructura 3D de proteínas, de tal forma que sea posible seleccionar compuestos candidatos que puedan interactuar favorablemente con los residuos que hacen parte del sitio activo de la proteína, o sitios alostéricos.