Microbiología

URI permanente para esta colecciónhttps://hdl.handle.net/11227/14814

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    PublicaciónAcceso abierto
    Implementación de técnicas moleculares para la detección del SARS-COV2 en aguas residuales como herramienta de vigilancia epidemiológica en Cartagena de Indias, Colombia
    (Universidad de Cartagena, 2024) Salas Mendoza, Andrés Felipe; Arroyo Salgado, Barbara Julia
    La propagación global del SARS-CoV-2 impulsó investigaciones enfocadas en la identificación del virus no solo en ambientes clínicos, sino también en el medio ambiente. Estas investigaciones han confirmado la presencia del virus en aguas residuales cercanas a hospitales y comunidades, incluso antes de la aparición de casos clínicos, subrayando la importancia de la “epidemiología basada en aguas residuales” como una herramienta para estudiar y manejar la COVID-19 en la salud pública. A nivel mundial, se identificaron factores clave que facilitan la diseminación del virus a través de las aguas residuales, incluyendo la persistencia del SARS-CoV-2 en heces y orina de pacientes infectados. Este descubrimiento llevó a la realización de estudios específicos sobre el SARS-CoV-2 en aguas residuales desde el inicio de la pandemia, revelando la importancia de monitorear estos cuerpos de agua para la detección del virus. El objetivo de esta investigación es optimizar mediante técnicas moleculares la detección de SARS-CoV-2 en aguas residuales. Para este fin, fueron escogidos cinco zonas en la ciudad de Cartagena, tales como Cercanías al aeropuerto (1), hospitales (2), barrios poblados (1) y centros turísticos (1). Este muestreo fue realizado al azar y por conveniencia. Las muestras fueron recolectadas de acuerdo a lo estipulado en Colombia, mediante la normativa para el manejo y tratamiento de aguas residuales basado en las directrices nacionales y recomendaciones de organismos internacionales, como la Organización Panamericana de la Salud (OPS). Incluyendo la Resolución 0631 de 2015: Emitida por el Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible, quien establece los parámetros y valores límites máximos permisibles en los vertimientos puntuales a cuerpos de agua superficiales y a sistemas de alcantarillado público; Decreto 1076 de 2015: Decreto Único Reglamentario del Sector Ambiente y Desarrollo Sostenible, que consolida la normativa ambiental, incluyendo la gestión de vertimientos y tratamiento de aguas residuales, Resolución 1541 de 2013: Relacionada con los permisos de vertimientos de aguas residuales y los requisitos para obtenerlos. Los muestreos se realizaron por duplicado, durante los meses de febrero a marzo de 2024. Las muestras fueron recolectadas por personal especializado en el área en recipientes estériles y transportadas bajo condiciones de frío al laboratorio de investigaciones del Grupo Biotoxam, en la Universidad de Cartagena. Posteriormente, estandarizaciones utilizando diferentes métodos de concentración viral fueron implementadas. Las cuales incluyeron la ultrafiltración, absorción por membranas electronegativas con la posterior selección del método de filtración por membranas utilizando filtros de 0.45 nm y con la activación con cloruro de magnesio (MgCl2), los cuales fueron almacenados -80°C, hasta su uso. A partir de los filtrados se realizó la identificación del ARN del SARS-CoV-2 mediante RT-PCR en tiempo real utilizando Thermo ScientificTM KingFisher FlexTM PCR con el sistema Applied BiosystemsTM QuantStudio 5, siguiendo las instrucciones del fabricante. El uso de estos métodos permitió la recuperación eficaz de ARN viral de las muestras, demostrando su utilidad para la detección de SARS-CoV-2 en aguas residuales. En el futuro, se recomienda continuar utilizando la vigilancia epidemiológica de las aguas residuales del SARS-CoV-2, debido a que podría proporcionar un medio importante para monitorear las tendencias de la población a medida que disminuyen las pruebas clínicas y la carga de SARS-CoV-2 disminuye. Esta herramienta es un punto clave para el apoyo de los esfuerzos de la vigilancia clínica.
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    PublicaciónAcceso abierto
    Actividad antibacteriana del enjuague bucal a base de lippia origanoides y mentha piperita frente a la flora oral de estudiantes de la Universidad de Cartagena
    (Universidad de Cartagena, 2013) Franco Valencia, Karen; Olivero Verbel, Jesús
    La mucosa humana presenta diversas comunidades microbianas y ha sido estimado que más de 700 diferentes especies microbianas, son capaces de habitar en medio de interacciones sinérgicas, mutualistas y antagónicas entre los diferentes microorganismos, contribuyendo así al desarrollo y acumulación de comunidades polimicrobianas que forman una biopelícula denominada placa dental. Cuando el equilibrio microbiano es afectado, suceden en la biopelícula alteraciones que conllevan a enfermedades tales como la gingivitis, la periodontitis y la caries, las cuales afectan un gran número de personas. La caries dental es una enfermedad microbiana que sigue constituyéndo un problema de salud en todo el mundo, afectando mayoritariamente a la población adulta y escolar entre el 60% y 90% según la OMS en el 2007. Por lo tanto, dentro del amplio espectro de bacterias de la microbiota oral, el género Streptococcus spp. es el más importante y prevalente, siendo la especie mutans el principal agente etiológico relacionado con la caries. Por lo anterior, el objetivo de este estudio fue determinar la actividad antibacteriana de un enjuague bucal natural a base de los aceites esenciales de Lippia origanoides y Mentha piperita evaluando su aceptación organoléptica en un grupo de donantes voluntarios, analizando su citotoxicidad (ensayo MTT) y genotoxicidad (ensayo cometa) en cultivos in vitro de células HepG2 y evaluando su acción microbiológica. Posteriormente, fue evaluada la actividad antimicrobiana y comparada con un enjuague bucal comercial, además de valorar de la concentración mínima inhibitoria (CMI) frente a cepas ATCC de Streptococcus mutans, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae y Pseudomona aeruginosa. El enjuague bucal presentó una efectiva aceptación organoléptica. Los resultados obtenidos en la citotoxicidad (ensayo MTT) demuestran que a bajas y altas concentraciones las células HepG2 pueden tolerar el aceite, para el caso de la genotoxicidad (ensayo cometa) las concentraciones más bajas sugieren una baja sensibilidad de las células HepG2 a L. origanoides. El enjuague bucal natural presenta actividad antibacteriana en las concentraciones de 5% y 10%. El método utilizado para valorar la concentración mínima inhibitoria (CMI) fue el de microdilución en caldo con placas de 96 pozos. Las cepas de S. mutans y S. aureus tuvieron un grado de inhibición a concentraciones de 50 mg/mL, 100 mg/mL y 150 mg/ mL, a diferencia de las cepas de K. pneumoniae y P. aeruginosa, en las que no hubo actividad inhibitoria.
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    PublicaciónAcceso abierto
    Caracterización morfológica y genética de Giardia intestinalis (Kofoid y Christiansen, 1915) en heces de humanos y animales domésticos (canis familiaris) en Sincelejo y Cartagena
    (Universidad de Cartagena, 2010) Buelvas Montes, Yaleyvis Amparo; Arroyo Salgado, Bárbara Julia
    Giardia intestinalis es un protozoario ampliamente distribuido en el mundo y es el causante de diarreas y síndrome de mala absorción de nutrientes en humanos y otros mamíferos. Presenta una alta diversidad genética evidenciada en el reconocimiento a nivel mundial de siete genotipos (A-G), siendo los genotipos A y B, los únicos que se han registrado en parasitosis intestinales en humanos y animales domésticos como perros. En el siguiente estudio se realizó la caracterización genética de G. intestinalis en muestras de heces de las ciudades de Cartagena y Sincelejo mediante el uso de marcadores moleculares. En ambas ciudades se determinaron zonas con mayor frecuencia de Enfermedad Diarreica Aguda (EDA) y se establecieron, como población de estudio, los niños menores de 7 años y en cuanto a los animales domesticos se seleccionaron perros en ambas localidades. Las muestras cuyo análisis coprológico resultó positivo para Giardia intestinalis se sometieron a procedimientos de purificación, concentración y ruptura de quistes. Posteriormente, el ADN fue aislado de las muestras mediante el uso de métodos convencionales de extracción por solventes orgánicos (Fenolcloroformo- alcohol isoamílico). Una vez aislado el ADN total, se realizó la caracterización molecular de los parásitos mediante la amplificación específica de los genes β-giardin y TPI. En este trabajo se modificaron exitosamente algunos de los procedimientos de ruptura de quistes y se estandarizó el protocolo de amplificación de los genes seleccionados. La caracterización genética de Giardia intestinalis confirmó la presencia de los genotipos A y B en las ciudades de Cartagena y Sincelejo, siendo el genotipo B, el que presentó mayor frecuencia de infestación en las muestras, tanto de origen animal como humano.
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    PublicaciónAcceso abierto
    Aplicación de un modelo in vitro para el análisis molecular de la respuesta inmune temprana a Mycobacterium tuberculosis H37Ra utilizando la tecnología de Microarray de Oligonucleótidos
    (Universidad de Cartagena, 2010) Bettín Martínez, Alfonso Carlos; Reyes Ramos, Niradiz De las Mercedes
    La principal defensa del huésped humano a la infección por Mycobacterium tuberculosis es la formación de granulomas, una colección organizada de macrófagos activados, que incluyen células gigantes multinucleadas y epiteloides, rodeadas por linfocitos. Para investigar las bases moleculares de la formación temprana de los granulomas tuberculosos humanos, se aplicó un modelo in vitro compuesto enteramente de células mononucleares de sangre periférica humana expuestas a la cepa H37Ra (37º C, 5% CO2, por 5 dias). La formación de la agregación celular fue monitoreada día a día bajo microscopia óptica y tinción Zieh-Neelsen. Los granulomas fueron colectados a las 24 horas y el ARN extraído fue hibridizado con microarray de Affymetrix (Human Genome-U133 plus 2). Los datos de expresión de microarray fueron analizados con los programas dChiP y GenMAPP/MAPPFinder para determinar su significancia a nivel biológico, y los genes más relevantes se validaron a través de PCR en tiempo real. El examen microscópico revelo la formación gradual de granulomas y las bacterias ácidoalcohol resistentes fueron observadas entre y dentro de las células que formaban el granuloma. El análisis de los microarray mostró genes fuertemente expresados, comparados con los controles, los cuales incluyen receptores de superficie celular (ICAM1,2,3; FAS; IL-2R, TLR-4), citocinas pro inflamatorias (INF-g, TNF-alfa, IL-1, IL-6, IL-8), quimiocinas y sus receptores que no han sido previamente reportados (CCL2; CXCL2; CCL18; CXCR4; CCRL2), factores de trascripción (STAT4; STAT6), genes relacionados con la apoptosis y citotoxicidad (FAS, TRADD, granzima B, Granulisyn, Caspasa-8). La mayoría de los genes sub-expresados fueron relacionados con funciones metabólicas generales. Estos datos de expresión génica aportan evidencia que Mycobacterium tuberculosis produce una alteración global de la respuesta inmune del huésped infectado, y que una vez logremos armar el rompecabezas y logremos entenderlo podríamos valorar el desarrollo de nuevas terapias y quizás poder inhibir la reactivación de una infección latente. En este estudio demostramos que el análisis sistemático de la expresión génica en células infectadas con M. tuberculosis H37Ra reveló perfiles de expresión dirigidos a la activación de una respuesta inmune efectiva contra el bacilo, y que en estudios posteriores a este se puedan comparar con cepas clínicas de micobacteria con el fin de determinar eventos moleculares claves involucrados en la infección por M. tuberculosis.
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    PublicaciónAcceso abierto
    Caracterización microbiológica y molecular de patógenos emergentes: Anaplasma SPP, Babesia SPP y Ehrlichia SPP causantes de antropozoonosis en la ciudad de Cartagena 2015
    (Universidad de Cartagena, 2015) Gómez Arcila, Verónica; Arroyo Salgado, Bárbara Julia
    Las zoonosis emergentes, son enfermedades infecciosas transmitidas por vectores invertebrados, que han cobrado gran importancia y continúan en expansión geodemográfica. Sin embargo, aún es desconocido el impacto de estas entidades en países tropicales como Colombia, donde el número de casos transmitidos por estos vectores se ha pronunciado de forma silente, con identificación de eventos fortuitos que han llegado, incluso, a ser letales. Por lo tanto, el conocimiento y comportamiento de estas entidades juega un papel crucial en la identificación de los casos y diagnóstico temprano a través de metodologías diagnósticas eficaces. Objetivo: Realizar la detección microbiológica y molecular de los patógenos emergentes: Anaplasma spp, Ehrlichia spp y Babesia spp, causantes de zoonosis y su caracterización clínica en pacientes de la ciudad de Cartagena en el año 2015. Métodos: Estudio descriptivo, transversal. Que evaluó las características epidemiológicas, clínicas, microbiológicas y moleculares de los pacientes febriles incluidos en el estudio previo consentimiento informado. Posterior a la toma de muestra sanguínea de los pacientes, el ADN genómico fue extraído, seguido de su cuantificación, valoración de integridad y pureza. La presencia de patógenos (Anaplasma spp., Ehrlichia spp. y Babesia spp.) fue analizada a través de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Resultados: Fue recolectada la información de 175 pacientes, en quienes fueron identificados los microorganismos: Anaplasma spp. (2,7%) y Babesia spp (1,3%). Al análisis de la especie, dichas muestras, dieron positivas para A. phagocytophilum (1/2) y B. microti (1/1) respectivamente. Respecto a la detección microbiológica, fueron detectadas mórulas típicas en los neutrófilos (5,3%) y trofozoitos en forma anular y piriformes dentro de los eritrocitos (1,3%). Conclusión: este es el primer estudio que utiliza métodos moleculares en el Caribe Colombiano para determinar la presencia de patógenos emergentes Anaplasma spp., Ehrlichia spp. y Babesia spp. en humanos, constatando la prueba de PCR convencional como una herramienta sensible y específica para el diagnóstico y mandatorio ante pacientes con factores de riesgo asociados a zoonosis.

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