Estudio in silico para la identificación de potenciales desestabilizadores de la interacción del RBD la de proteína espiga del SARS-COV-2 y la ECA2 humana

Abstract

El surgimiento del nuevo virus SARS-CoV-2 que provoca la enfermedad denominada COVID-19 ha generado una pandemia sumergiendo al mundo en una crisis sanitaria. El proceso de infección se desencadena por la unión directa del dominio de unión al receptor (RBD) de la proteína espiga (S) del SARS-CoV-2 a la enzima convertidora de angiotensina 2 (ECA2) de la célula huésped. En el presente estudio se realizó la aplicación de técnicas de cribado virtual por acoplamiento molecular, dinámica molecular, cálculo de energía libre usando el método de GBSA, predicción de propiedades de similitud de fármacos, farmacocinéticas y toxicológicas de diversos ligandos que interactúan con el complejo RBD-ECA2. Se identificaron los ligandos Radotinib, Hinokiflavona y Ginkgetina como potenciales desestabilizadores de la interacción RBD-ECA2, que podrían producir su efecto farmacológico mediante la interacción en un sitio alostérico de la ECA2, con valores de energía de afinidad de -10.2 ± 0.1, -9.8 ± 0.0 y -9.4 ± 0.0 Kcal/mol que denotan una fuerte afinidad al receptor. El complejo con la Hinokiflavona presentó la interacción con mayor estabilidad conformacional y rigidez de la simulación de dinámica, además, también obtuvo la mejor energía libre de unión de las 3 moléculas con una energía de -215.86 Kcal/mol.