Evaluación in sílico del potencial de inhibición de compuestos aislados de tabernaemontana cymosa frente a proteínas de membrana de staphylococcus aureus

Abstract

La creciente problemática generada por la resistencia bacteriana hace necesaria la búsqueda de nuevas alternativas farmacológicas, ya que en la actualidad las bacterias resistentes generan inefectividad de los tratamientos convencionales. Esta situación representa una de las principales alertas en el campo de la salud pública, debido a que estas infecciones han llegado a expandirse en varios países, tal es el caso de Staphylococcus aureus meticilino resistente el cual está incluido en la lista de patógenos de prioridad elevada emitida por la OMS. Teniendo en cuenta diversos estudios donde se asoció la actividad antibacteriana de los extractos de distintas especies de Tabernaemontana, con su alto contenido de alcaloides con actividad biológica, se decidió evaluar el potencial inhibitorio de compuestos aislados de T. cymosa frente a S. aureus, dichos compuestos fueron Voacangina, Voacangina Hidroxi-indoleina, Rupicolina y 3-Oxovoacangina. La metodología usada consistió en un análisis in silico basado en acoplamiento molecular en busca de posibles dianas farmacológicas de S. aureus, los receptores usados fueron los 5 isotipos de las Proteínas de Unión a Penicilina (PBPs), Aspartato Semialdehido Deshidrogenasa (ASADH) y Acetilglucosamina-1-fosfato Uridiltransferasa (GlmU); sus estructuras fueron descargadas de las bases de datos PDB y UniProt con excepción de ASADH, la cual fue modelada por homología en el presente trabajo con una calidad estructural aceptable según las verificaciones realizadas. Como resultado se observó que las moléculas analizadas se unieron en los dominios transpeptidasa de PBP1, PBP2, PBP3 y PBP4, en el dominio no enzimático de PBP2a, en la región enlazadora α-helicoidal de GlmU y cerca del sitio activo de ASADH. Los valores de afinidad oscilaron entre -5.36 y -8.10 Kcal/mol. Las mejores energías de unión por proteína fueron las siguientes: PBP2 y Voacangina con -8.01 Kcal/mol; ASADH y 3-Oxovoacangina con -7.86 Kcal/mol; GlmU y 3-Oxovoacangina con -7.50 Kcal/mol; PBP2a y Voacangina con -7.30 Kcal/mol; PBP4 y Voacangina hidroxi-indoleina con -6.36 Kcal/mol; PBP3 y 3-Oxovoacangina con -6.26 Kcal/mol; PBP1 y 3-Oxovoacangina con -6.06 Kcal/mol. Adicionalmente, se llevó a cabo un análisis in silico de algunas propiedades fisicoquímicas de los compuestos en el cual se determinó que cumplían con las reglas de Lipinski y de Veber asociadas a la predicción de biodisponibilidad oral y que no poseen grupos funcionales tóxicos, por ende, es posible categorizarlos como compuestos semejantes a los fármacos de los cuales se estiman propiedades ADMET aceptables.