Mining pubchem and protein databases for unknown targets of pollutants and therapeutic molecules
Cabarcas Montalvo, María Paulina | 2016
Las uniones proteína-ligando corresponden a un proceso dinámico,
que permite que los residuos que se encuentran en los bolsillos puedan
interactuar con una variedad de ligandos de forma, tamaño y
composición diferente a los ligandos naturales. Dado que la teoría
convencional "una molécula, un blanco, una enfermedad" es limitado y
poco común en la naturaleza, la estrategia de análisis de la interacción
entre redes de ligandos y proteínas diana surge como un método
sistemático para sondear los mecanismos moleculares en eventos
complejos, que son difíciles de predecir a través de los enfoques in vitro o
in vivo.
Los estudios de cribado virtual se han convertido en una parte
importante de la investigación en toxicología y farmacología dirigida al
descubrimiento de nuevos blancos proteicos y fármacos,
respectivamente. Una de las estrategias utilizadas consiste en evaluar las
diferentes vías metabólicas involucradas y seleccionar el objetivo
biológico potencial. Para esto, existen dos enfoques fundamentales: el
primero basado en ligando, cuya finalidad consiste en la identificación de
aquellas estructuras que tienen más probabilidades de unirse a una
molécula diana; y el segundo basado en la estructura 3D de proteínas, de
tal forma que sea posible seleccionar compuestos candidatos que puedan
interactuar favorablemente con los residuos que hacen parte del sitio
activo de la proteína, o sitios alostéricos.
LEER